Dans l'ombre, les ninjas continuent d'employer leurs talents pour l'infiltration, l'espionnage et l'assassinat. Ils seraient près de 200.000 membres mais seule une partie, l'élite, prend part aux conflits internationaux. Kurô Kumogakure est un jeune shinobi redoutable mais désoeuvré jusqu'à ce qu'il reçoive sa première mission. Il doit arrêter un tueur d'origine russe qui menace les ninjas.