Bien que parent pauvre de l'ecclésiologie chrétienne, l'Evangile de Jean, et notamment son discours d'adieu, constitue un pilier possible d'une théologie de l'Eglise, par la place qu'y occupe l'Esprit Paraclet. Ce dernier rend en effet possible la présence de Christ à l'Eglise après la Résurrection, permettant ainsi de réunir les croyants autour du mystère de l'Eglise.