En libérant Chaperon rouge, une jeune fille emprisonnée dans le sous-sol du manoir qu'elle a hérité de son arrière-grand-mère, Wakaba s'est retrouvée impliquée dans une guerre de sorcières millénaire. Alors que les deux adolescentes tentent de protéger les humains, des membres de la mystérieuse organisation Gesellschaft font leur apparition.