Sakura, Léon et Logan sont projetés dans le Paris du début du XXe siècle puis au coeur de l'Egypte coloniale pour tenter de retrouver le parchemin disparu du Bushido et sauvegarder l'esprit des samouraïs. La ninja Tomoe Kamara, animée par un désir de vengeance, tente de les faire échouer.