Dix ans plus tôt, la ville côtière de Subaka a été touchée par un tsunami provoqué par un kaiju, un monstre géant sorti de la mer. La créature, baptisée Gaea-Tima, a été abattue avant de se dissoudre dans l'océan. Mikayo, une fillette rescapée du cataclysme, est devenue une spécialiste de kaijus. Lorsqu'un nouvel être gigantesque apparaît, Gaea-Tima renaît d'une bille pour défendre la ville.